Si ritiene fosse stato edificato tra il 550 e il 540 a.C. ed è il più antico tra i tre templi di Paestum. A lungo è stato considerato una basilica romana. In realtà il tempio è stato dedicato ad Hera, moglie di Zeus e principale divinità della polis, come dimostrano gli ex voto ritrovati. Le celebrazioni pubbliche avvenivano sul grande altare posizionato dinanzi al tempio.